Появление одних этнических групп часто происходит под влиянием других. Гагаузы относятся именно к такой этнической группе. Исторические и научные факты указывают на то, что основу этнической структуры гагаузов составляют огузские племена. Несмотря на это, существует множество мнений и предположений о происхождении гагаузов. Оценивая данные с точки зрения религии, культуры, истории, этнографии и антропологии, выясняется, что появление гагаузов совпадает с появлением печенегов, огузов и куманов. Турецкие, болгарские, румынские и русские источники дают отличные друг от друга разъяснения по поводу происхождения гагаузов. Одни утверждают что гагаузы – потомки греков, другие – потомки болгар, третьи считают их тюркским народом. По одним предположениям, гагаузы – потомки куманов, по другим – печенегов. Еще одна точка зрения – гагаузы являются потомками народа, появившегося в результате синтеза (смешения) всех вышеперечисленных племен. Дмитриев указывает на 19 различных теорий происхождения гагаузов. Мошков считает, что гагаузы – потомки огузов. Туркер Аджароглу тоже придерживается этого мнения. Иречек в своей книге «История болгар» (1878 г.) предполагает, что этническая основа гагаузов смешанная, т.е. представлена различными этносами, хотя и не отрицает возможности органической связи гагаузов с куманами. Иречек опровергает версию, что гагаузы потомки Иззеддина Кейкавуса, потому что, по его мнению, сельджуки, пришедшие за Кейкавусом в Добруджу, пребывали на этой территории короткое время и затем перекочевали в кыпчакской степи. Иречек считает гагаузов очень своеобразным народом. Радлов пытается доказать принадлежность гагаузов к алтайской семье.

Мошков опровергнул версию о том, что гагаузы – потомки куманов, т.к. по его мнению, куманы смешались с татарами. В своих предположениях Мошков противостоит Иречеку, и подчеркивает, что гагаузы являются тюркским народом, потомками огузов. Манов назвал гагаузов огузами – христианами. Чакыр опровергает какие-либо связи гагаузов с куманами и сельджуками.

Ковальский подошел к проблеме диалектическим путем и считает, что этногенез гагаузов прошел три этапа:

Самый древний этнический пласт представлен остатками тюркских племен, пришедших с севера.

Средний этнический пласт представляют тюркские народы, пришедшие с юга.

Новый пласт был образован тюркскими колониями во время правления на территории современных гагаузов и Болгарии Османской империи.

По мнению Ковальского, гагаузы не имеют в своей основе моноэтническую структуру, а представлены смешением различных этносов.

Смешение древнего и среднего этнических пластов ярко проявилось в языке гагаузов.

Принятие христианства начинается с задунайских гагаузов. Принятие мусульманства делиорманскими тюрками происходит на втором и третьем этапах этнического развития.

Необоснованность многих теорий о происхождении и истории гагаузов повлияло на демографическую ситуацию среди гагаузов. В переписях населения 1817, 1835, 1851 и 1859 гг. гагаузы были зафиксированы как болгары. Только в переписи населения 1897 г. гагаузы отмечены как отдельный народ.

Во времена Советского Союза национальность «гагауз» вносилась в переписи населения, статистики, паспорта, избирательные списки и в другие официальные документы. В Большой Советской Энциклопедии гагаузы представлены народом, являющимся потомком огузов и перенявшим их язык и обычаи. В изданной в 1954 г. в Москве книге «Европейские народы СССР» даны сведения об этногенезе, культурной и социальной жизни гагаузов. В Молдавской Энциклопедии гагаузы представлены как своеобразный народ.

Гагаузы не являются потомками греков, но живя среди греков, румын, молдаван и фанариотов, чтобы завоевать доверие окружающего населения, они представляли себя отуреченными греками. Но ни по характеру, ни по чертам лица и привычкам гагаузы не похожи на греков. Гагаузы также не являются отуреченными болгарами. Они даже не используют в своей речи слово «болгар», называя этот народ «туканами». К слову, если в гагаузском селе проживают болгары и греки, то они настолько отличаются от гагаузов, что легко можно различить, кто болгарин и грек, а кто гагауз. Среди гагаузов легко найти отуреченных греков и болгар, но «оболгарившихся» гагаузов найти невозможно.

В известном гагаузском стихотворении представлено видение гагаузами самих себя (подстрочный перевод):

Я остался один

Имени моего не знают

Не знают, кто я

Я потомок тюрков, остался без родины

Меня называют тукан (болгарин) и урум (грек)

Скрывают мое тюркское происхождение

И Родина есть у меня

И род мой, и кровь – тюрки

Но не знают они об этом.