Султан Меликшах расширял земли Сельджукского Государства на востоке, так же как и на западе. Причиной похода на Караханлы, находящемся на востоке, было приглашение Султану Меликшаху от улемы из-за возникновения разногласий между лидером Западного Караханлы и улемой. По правде говоря, Меликшах вел политику по объединению всех стран исламского мира. Поэтому, для осуществления этой идеи, в начале 1088 года султан вышел в поход и захватил Бухару, немного позже был осажен город Самарканд. Ахмед Хан хотя и пытался договорится, но город был захвачен армией Сельджуков, сам Ахмед Хан был взят в плен и отправлен в Исфахан. Таким образом, Государство Западное Караханлы было присоединено к Сельджукам. Султан Меликшах вышел из Самарканда и отправился в Озкент и по пути подчинил себе лидера Государства Восточное Караханлы эль-Хасан б. Сулеймана.
Подчинив себе оба Караханлы государства, Султан Меликшах в 1090 году возвратился в Исфахан. Однако, через некоторое время, возможно даже в том же году, из-за рода Чигиль, который занимал важное место в армии Караханлы, возникло восстание, и Султан Меликшах снова был вынужден двинуться на Караханлы с войной. Меликшах и на этот раз подчинил к себе государство Караханлы.