Первый выбранный каган Караханидов- Бильге Куль Кадир Хан, вёл борьбу с Саманидами. Двое его сыновей - Аслан Хан Базыр и Кадир Хан Огулджак, первый в качестве большого кагана из Баласагуна, второй - на правах партнёра кагана из Тараза, осуществляли управление государством. В марте 893 г. саманид Исмаил б. Ахмед(892 - 894) захватил Тараз после долгой осады. В этой ситуации Огулджак переместил свой центр в Кашгар и начал устраивать набеги на территорию Саманидов.
Его племянник Сатук встречался с саманидским наследником престола Абу Насром, укрывшемся на территории Караханидов, а также с суфийскими проповедниками, что послужило причиной принятия им Ислама. После победы над своим дядей в борьбе за трон Сатук принял Ислам, объявив его государственной религией ( начало Х в.). Это событие изменило ситуацию в западном государстве Караханидов. Сатук Бугра взял себе мусульманское имя Абдулкерим. В своей борьбе против восточных Караханидов он использовал добровольцев-мусульман, собравшихся для джихада. Сатук умер в 955-6году и был похоронен в Артуче.
Сын Сатука Муса (Байташ) победив восточного кагана Аслан Хана, ликвидировал эту ветвь династии и сумел исламизировать всё государство Караханидов (960). Он взял джихад за основу в деле распространения Ислама среди тюрок. Во время Мусы джихад шел и на сопредельных территориях. Вероятно, что сын Мусы Абу'ль Хасан Али пал в одной из таких войн (998). Управлявший западной частью государства, Абу Муса ал-Хасан (Харун) б. Сулейман захватил Исфиджаб в 990г. и позже вступил в столицу саманидов - Бухару. (май-июнь 992).
Бугра Хан был вынужден покинуть этот город из-за болезни. Возможно, в этом сыграли свою роль огузы, шедшие на помощь Саманидам, под командованием Аслана б. Сельджука. Харун умер по дороге в Кашгар.
Ахмед, сын и преемник умершего в 998 г. большого кагана Али, первым из караханидских правителей, признал халифа Аббаситов. Его младший брат Абу-ль Хасан Наср б. Али поддерживал отношения с Саманидами и их вассалами, а также управлял западной частью государства. Наср захватил Бухару в 999г. и увёз членов саманидской династии в Озкент.
Старания сбежавшего из Озкента саманидского наследника престола Исмаила ал-Мунтасыра, вновь оживить государство потерпели неудачу и послужили причиной его смерти (1000 - 1005). По соглашению, заключённому между Насром б. Али и газневидским султаном Махмудом (998 -1030) границей между двумя государствами была признана река Аму-Дарья (Джейхун) (1001).