Между тем, как Шейхи Анатолии бились за трон, Селяхаддин Эюби захватил Иерусалим (1189 год), а Европа готовила новый Крестовый Поход. Третий Крестовый Поход во главе с германским императором Фридрихом Барбароссой 1-ым, вступил в Анатолию.
По причине борьбы между сыновьями Султан не смог противостоять крестоносцам. Но в Акшехире сын Султана Мелкшах выступил против крестоносцев, несмотря на это Фридрих Барбаросса дошел до Конии и захватил город. Немного спустя крестоносцы двинулись освобождать Иерусалим.
Последние дни Султан Кылыч Арслан, провел как игрушка в руках сынов. Свой покой он обрел возле сына Гыяседдина Кейхюсрева. Вместе с ним он вступил в войну с Меликшахом. С помощью народа им удалось отвоевать Конию.
Потом они направились в Аксарай и осадили этот город. Во время осады Султан заболел и решил вернуться в Конию и по дороге скончался. Султан Кылыч Арслан 2-ой, со своей политической силой, военными взглядами является одной из великих личностей тюркской истории. На протяжении 37-летнего правления султанатом частично осуществил объединение тюрков в Анатолии и имеет большие заслуги в развитии и благоустройстве государства.