Династия Чагатая и Туркестан
Упоминание Чагатая с территорией Туркестана в Империи Чингисхана стало взаимосвязано только со смертью Чингисхана. Отданная еще при жизни Чингиза, в пользование эта территория, никогда не управлялась Чагатаем как единоличным правителем. При жизни Чингисхана этот регион, включавший в себя и Мавераннахр с нетронутыми тюркскими династиями, управлялся именем кагана, жившим в Ходженте Махмуд Ялвачем, а потом и его сыном Месут Беем.
Первым ханом-чингизидом Туркестана являлся Кара Хулагу (1242-1247 гг.), преемником которого был сын Чагатая Есур Менгю, назначенный Гоюк каганом. После междоусобицы закончившейся развалом Империи, внук Чагатая, Алгу создает управляемое потомками Чагатая единое государство в которое входили регионы; западного и восточного Туркестана, часть Хорезма и позже присоединенный Афганистан. После смерти Алгу в 1266 году, правление если и перешло к семье Угэдэ, Кайдую, а после него его сыну Чапару, то немного позже снова переходит к потомку Чагатая, Дуве (1291-1306 гг.). Внутренняя междоусобица, приведшая к развалу Империи, особенно потрясли, в плане экономики, Туркестан и по этой причине в Туркестане не было постоянной династии и централизованной власти.
Попытка Дуве исправить экономическое положение путем мира между чингизидами окончилась неудачно. Взошедший на престол Тарма Ширин (1326-1333 гг.) приняв ислам усилил отношения с соседними мусульманскими странами, нарушив тем самым "Законы Чингисхана", что послужило недовольству восточных монгольских племен и поднявших восстание. Бывший ханом после Тарма Ширина, Казин (смерть 1346) несколько раз менял столицу, и наконец возвратившись в Мавераннахр осел в городе Карши, после чего в управлении государством прочно закрепилось влияние ислама.
Начиная с 1346 года, все больше разгорающаяся междоусобная война между ханами и полководцами, в конец обессилило влияние управления, состоящее из хана-чингизида с одной, и его военачальников с другой стороны, действующих и управляющих каждый по своему. Такое положение, с небольшими изменениями продолжалось до прихода Тимура.