Начавшая длительные войны с Ираном и Австрией в 1578-1606 годах Османская империя сильно нуждалась в войсках Крымского хана. Несмотря на остававшийся без защиты от нападения казаков Крым, султаны османов методом кнута и пряника вынуждали войска крымцев присоединяться к ним в походах. В походах на Иран, в первый раз в 158 году к османам присоединился Калга Адиль Гирей, на следующий год хан Мехмед Гирей II, но положение крымских ханов как простых полководцев в объединенных войсках, не устраивало крымцев, что порождало вражду. Доходило и до открытого восстания крымцев против влияния османов.
Мехмед Гирей II в 1584 году, не остановившись на объявлении о независимости Крыма, собрав войска осадил порт османов в Крыму Кезлеф (Евпатория), но был убит в посланным со Стамбула новым ханом Ислам Гиреем в 1584 году. Сын убитого хана Саадет Гирей собрав под собой ногайские роды вошел в Крым из Кыпчакских степей, захватил Ислам Гирея и встретился в битве с османскими силами под Кафой(Феодосия), но в предпринятом втором походе с войсками ногаев и донских казаков был разбит. Брат Саадет Гирея, Мурад Гирей выехал в Москву и оттуда грозил завоеванием Крыма, что сильно обеспокоило османского султана.
Наконец Ислам Гирей II после нескольких междоусобных войн, с большой помощью османских сил смог занять и упрочить свое положение на троне. При его правлении впервые рядом с именем Крымских ханов, в молитвах начали произносить и им падишаха османов(но на монетах чеканились имена только Гиреев). Дружба между двумя государствами упрочилась и усилилась при правлении Бора Гази Гирея, бывшего верным союзником Стамбульского падишаха. Он не только воевал на стороне Османского султана против Габсбургов в Венгрии, но и посылал свои войска в Анатолию, для усмирения Джелалитов, по просьбе султана османцев. Во время правления Бора Гази Гирея влияние Османской империи усилилось во всех направлениях.
Не избежавшая в начале XVII века междоусобицы Османская империя как и в Стамбуле так и в Крыму, прошла серьёзный экзамен своего влияния и авторитета. Джанибек Гирей, как хан верный Стамбулу, между 1610-1635 годами, три раза воздвигался на трон османцами, но все время подвергался нападениям Мехмед Гирея. После взятия трона силами ногаев и казаков эти два хана, как и их отцы Саадет Гирей и непокорный Мехмед Гирей II, боролись за независимость Крымского ханства от Османской империи. Установили дружественные отношения с первым врагом османцев Шах Аббасом. В 1610 году Мехмед и Шахин Гиреи, вошли в Крым и скинули с престола хана, ставленника Стамбула и захватили Кафе.
Воспользовавшиеся внутренней междоусобицей, неразберихой и ослаблением как Крымского, так и Османского государства, усилившиеся казаки начали дерзкие нападения на территории Крыма и Османов. В 1654 году казаки сжигают Синоп, в 1612 году город Ахали. В 1625 нападают и грабят Еникёй, находящийся на берегу Стамбульского пролива. В 1637 году захватывают крепость Азов, и несмотря на постоянные нападения объединённых крымских и османских войск, держат в своих руках в течении пяти лет. В течении XVII века казаки были большой проблемой для Крымского ханства и Османской империи.
Период правления Ислам Гирея III (1644-1654года) отличается тесным сотрудничеством Крыма и Стамбула, против внешних врагов. В 1644-1647 годах Исмаил Гирей совершил четыре успешных похода на Россию и казаков. Отделение запорожских казаков от России и присоединения к Крымскому ханству, высшее достижение Ислам Гирея. Вместе с запорожскими казаками провёл несколько успешных походов на Польшу. Установил дружественные отношения со шведами, сильными врагами Польши. Но позднее, подписание в 1654 году мирного договора между шведами и Россией заставило казаков вновь воссоединиться с Россией.