Сельджук, который как очевидно, прожил долго, умер в Дженде в 1007 году, когда ему было более ста лет. У Сельджука было четыре сына: Микаиль, Арслан Исраиль, Юсуф и Муса. Микаиль еще при жизни отца погиб на войне, его дети Чагры и Тугрул Бей были воспитаны своим дедом Сельджуком. После смерти Сельджука во главе семьи стал Арслан Ябгу. Через некоторое время все Сельджуки покинули Дженд и находились в Бухаре, где действовал Арслан Ябгу.
Уничтожение Саманидов и взятие Мавераннахра Караханами стало причиной того, что Сельджуки столкнулись в этом регионе с вышеупомянутым государством. Когда Тугрул и Чагры Бей подверглись нападению Илиг Хана Настра они перешли в окрестности города Талас, под покровительство правителя Караханов Бугра (Ахмед бин Али) Хана. Однако, Бугра Хан поступил с ними не доброжелательно и приказал арестовать Тугрул Бея, своего брата. Из-за недостатка территорий и вследствие таких притеснений Тугрул отошел в глубь пустынь, а Чагры Бей соврешил свой известный поход на Восточную Анатолию (1016-1021).