Прейдя в Анатолию Шейх Джюнейд обнаружил для себя место работы, о котором не мог раньше даже и мечтать. Бродя по селам, он встерчался со многими шиитами. Закономерно рождается вопрос: в тот период был ли Джюнейд шиитом? Возможно, даже очень. Ведь он пришел в Анатолию не только в роли шейха, но и в роли миссионера. Учитывая это, и родился ответ на этот вопрос. О деятельности Шейха секты в Анатолии нам мало что известно. Те же факты о которых на известно, дошли до наших дней в многом благодаря Ашиг пашазаде. Обладая талантом оратора Шейх сафевидов, переманил немало жителей Анатолии в свою секту. И даже смог создать 5-10 тысячное войско вооруженных бойцов. Утверждение того, что он является потомком святого Али, а также политическая деятельность Шейха Джюнейда, в то время как турки переживали экономический и политический кризис, было главным ключем успеха в тот период.
5-10 тысячное войско под руководством Шейх Джюнейда совершило грабительский набег на государство трабзонских Румов. Даже окружили столицу Трабзон, но, поняв, что захватить город будет трудно, отступили. В это время, в 1452 году, во главе Аккоюнов становится Узун Хасан Бег. Шейх Джюнейд отправился к нему. Новый правитель находит общий язык с Шейх Джюнейдом и в честь этого выдает свою младшую сестренку Хатидже Бегим за него замуж. Учитывая крепкие связи Аккоюнов с суннитскими державами, становится ясно, что этот шаг был совершен только из расчета на помощь войска Джюнейда против наносящего постоянные угрозы праителя Каракоюнов Джихан шаха Мирза.
это время, считается, что Джюнейд вел себя как истинных шиит. После всего этого шейх государства Сафевидов покидает Анатолию, и, со своими войском отправляется к себе в столицу, в город Эрдебил. Спустя некоторое время отправляется на газават (войну с неверными) в Черкесию. Целью этой войны было также завоевать славу и увеличить войско. Однако правитель Ширванов Халлилуллах не дал разрешение на проход войско через его государство. Было принято решение о войне. Малочисленное, но согласное со всеми приказами своего полководца войско, верило в победу. Но несмотря на храбрость, войско Шейх Джюнейда все-таки потерпело поражение (1460 год). но все-таки стоит отметить действия Шейх Джюнейда как политика и полководца.
Это поражение не стало причиной ослабления Сафевидского государства. Этому послужило причина объединения детей Джюнейда вокруг Хайдара (сына Хартидже Бегим). Назначение несовершеннолетнего Хайдара наследником престола, в то время, когда были совершеннолетние дети, явно было не спроста. В этом прослеживается цель быть поближе к дяде Хайдара, правителя Аккоюнов. В это время Узун Хасан Бег победил и уничтожил Каракоюнское государство и его земли простирались от Хорасана до Сиваса (1468 год).