В 12 веке киргизы стали жить под монгольским управлением Чингиз Хана. В 1217 году народ восстал против монгольского правления. Восстание было жестоко подавлено. До конца 14 века киргизы жили под управлением монголов. В 1399 году киргизы вновь восстали против монголов и снова добились независимости. Но, в те времена в Средней Азии шла жестокая захватническая борьба между различными ханами. Поэтому, оставаться долгое время независимым не предвиделось возможным. В 1425 году киргизские земли были включены в состав узбекского ханства. Затем, узбеки проиграли сражение монголам, и киргизы отошли на север и присоединились к казахским ханам.