Bahâeddin Şâkir (1874-1922), İttihat ve Terakki Cemiyeti'nin önde gelen örgütçülerinden biri olan Osmanlı hekimi ve siyasetçisidir. 1874'te Osmanlı Devleti'nin İslimiye (bugün Bulgaristan'daki Sliven) kentinde doğdu. Askerî Tıbbiye'de eğitim gördü ve 1896'da yüzbaşı-doktor rütbesiyle mezun oldu. Ardından Fransa'da adli tıp alanında uzmanlaştı ve bu yeni gelişen alanın Osmanlı'daki öncülerinden biri oldu.
Mesleki açıdan adli tıp alanında önemli bir yer edindi. Haydarpaşa Tıp Fakültesi'nde adli tıp hocalığı yaptı ve 1910'da fakültenin ikinci müdürlüğüne getirildi. Türkçe ilk adli tıp ders kitabını kaleme alarak Osmanlı adli tıbbının kurucularından sayıldı.
Siyasi faaliyetlerine tıp öğrencisiyken başladı. 1889'da İttihad-ı Osmanî Cemiyeti'ne katıldı ve Jön Türk çevreleriyle yakınlaştı. II. Abdülhamid yönetimi tarafından sürgüne gönderilince Mısır ve Paris'e kaçtı. 1908 Meşrutiyeti'nin ardından İstanbul'a dönerek partinin örgütlenmesinde etkin bir rol üstlendi ve cemiyet içindeki nüfuzlu 'Doktorlar Grubu'nun bir üyesi oldu.
Teşkilat-ı Mahsusa ile ilişkisi ve 1915 tehcir kararının uygulanmasındaki rolü, hakkında yapılan tarihsel değerlendirmelerin merkezinde yer almaktadır. Kaynaklarda bu sürecin örgütlenmesindeki başlıca isimlerden biri olarak anılır.
I. Dünya Savaşı'nın sona ermesiyle birlikte Rusya ve Kafkaslar üzerinden Berlin'e kaçtı. Savaş dönemindeki eylemleri nedeniyle Osmanlı mahkemelerince gıyabında idama mahkûm edildi. 17 Nisan 1922'de Berlin'in Charlottenburg semtinde, Ermeni militanlarca düzenlenen bir suikast sonucu öldürüldü. Ölümü, Nemesis Operasyonu olarak bilinen dizi suikastın önemli olaylarından biri olarak tarihe geçmiştir.