Büyük Selçuklu Sultanı Melikşah’ın oğlu olan Sencer 1086’da Sincar’da doğdu. Küçük yaşından itibaren devlet tecrübesi kazanan Sencer, ağabeyleri Berkyaruk ve Muhammed Tapar zamanında devlet hizmetinde bulunarak, doğuda çıkan isyanları bastırdı. Buradaki başarıları üzerine Horasan melikliğine tayin edilen Sencer, Haziran 1102’de Selçuklu Devleti’ne saldıran Karahanlı Hükümdarı Kadir Han’ın saldırılarını bertaraf etti. Ayrıca Gaznelileri, Selçukluya bağladı.

Babası Melikşah’ın siyasetini takip eden Sencer, Horasan’dan itibaren, devletin doğusunda Selçuklu düzenini yeniden kurdu. Berkyaruk’tan sonra tahta geçen Muhammed Tapar’ın ölümü üzerine, 18 Nisan 1118’de küçük yaştaki oğlu Mahmut Büyük Selçuklu Devleti tahtına çıkarılırken; Sultan Sencer de 14 Haziran 1118’de Horasan’da bağımsızlığını ilan etti.

Ağustos 1119’da Save’deki savaşta yeğenine galip gelen Sencer, Büyük Selçuklu Sultanı oldu. Devletin merkezini de Irak-ı Acem’den Horasan’a nakletti. Bundan sonra çevresinde büyük savaşlar ve fetihler yapan Sultan Secer, Sultan-ül A’zam unvanını kazandı. 1132’de Karahanlıların, 1136’da Gaznelilerin, 1141’de Karahitayların ve 1147’de de Harezmlilerin isyanını bastıran Sencer, 1152 yılında da Gurluları mağlup etti.

Fakat Sultan Sencer 1153’te Oğuz Yabgu ile Belh’te yaptığı savaşı kaybedince esir düştü. Sencer, esaret altında sultan olmak istemediğinden, sultanlığı terk ederek Merv Hankahı’na kapandı. Buradaki 3 yıllık esaretten sonra Nisan 1156’da kurtarıldı. Ancak 29 Nisan 1157’de 91 yaşındayken Merv’de vefat ederek, kendi yaptırdığı türbeye defnedildi.

Bilim adamlarına sahip çıkan ve bilimi teşvik eden Sultan Sencer’in döneminde, Horasan bütün İslam dünyasına ve Anadolu’ya din ve bilim adamı sevkeden bir merkez olmuştu.