Несмотря на то, что тюрки в сфере исламской культуры больше всего общались с иранцами, являющихся шиитами, в подавляющем большинстве своем были суннитами. Так как сунна, имеющая мало общего с иранскими традициями, более соответствовала турецкому мышлению. Тюрки приняли одно из четырех учений суннитов – «ханифы». Причины же были следующие: это учение, признавая желания человека, приводит доводы и научные доказательства исламских законов; некоторые правовые основы были обработаны в Мавераннахре в тюркской среде Самаркандским Эбу Мансуруль-Матуридом, который как полагают тюркского происхождения. А по сему дает возможность приводить исламские ханифские правовые законы в соответствии со временем и условиями. Это положение удовлетворяло мышление турецкого государства, а ко всему прочему укрепляло взаимоотношения тюрко-исламских государств и халифата, так как Аббасидские халифы так же являлись ханифами. Поэтому Аббасидский халиф с интересом отнесся в выходу сельджукских главнокомандующих на политическую арену в Хорасане и всячески искал способы для установления связей. В 1038-ом году во время первого похода Тугрул Бея в Нишапур к сельджукам отправился посол халифа Эль-Кааима. Судя по данным источников, хотя задачей посла и являлось предупреждение туркменов в отношении их захватов, но когда не по всей стране продолжаются опустошительные захваты, истинная цель этого визита была очевидна. Так же об этом говорит и приглашение со стороны халифа сельджукского султана в Багдад, когда сельджукские победы умножились, а силу нового государства начали ощущать во всем Иране, охваченные страхом шииты Бувейхи усилили свое давление в Багдаде и окрестностях. Таким образом, определялись основные принципы сельджукской политики – борьба с шиизмом и его сектами.

Противоречие между «религиозной толерантностью и подобной позицией государства по отношению к шиизму не являлось темой споров. Так как было известно, что еще в 11-ом веке шиизм являлся самым сильным оружием в создании смуты и беспорядков в суннитских исламских странах. Подобная деятельность проводилась при материальной и моральной поддержке Фатимийского государства. Шииты Бувейхи, в чьих руках был Ирак и южный Иран, взяли под свою власть Аббасидского халифа, что очень обеспокоило население восточного ислама, являющегося в большинстве своем суннитами. К тому же воспользовавшись властью занялись деятельностью по распределению шиизма в этих странах, а это в целом увеличило волнение суннитов, доктрины которых вряд ли могли способствовать приходу к соглашению с шиитами. известный Бувейхийский командующий того времени Арслануль-Бесасири всегда сотрудничал с Фатимийцами и во все уголки Ирана направлял группы рафизитов (члены шиитской секты рафизитов) для различной деятельности, но подругим названием.

Исходя из сведений известного писателя Абдуль-Каахир Багдади, численность подобных сект была больше 70-ти. Провозглашение Султан Тугрул Бея на церемонии в Багдаде «Правителем Востока и Запада» положило конец существованию Бувейхийского государства, разногласию и страданию народа; и в то же время было не что иное, как официальное одобрение сельджукской религиозной политики халифом.